京乐春水

人的一切痛苦本质上都是对自己无能的愤怒！

比较基因组分析

MCScanX 与 MUMmer的使用

MCScanX 的使用 MCScanX 的安装与使用 wget http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/MCScanX.zip unzip MCScanX.zip -d ~/tools/ cd ~/tools/MCScanX make 需要下载gc++ 来编译，另外需要下载java 来获得作图的支持 #64位编译会出现问题，需要在msa.h,dissect...

Posted by Mr.Children on May 24, 2018

基因预测与比对

GeneMarks、glimmer3 与blast+ 的使用以及比对信息的提取

常用的原核生物基因预测软件有GeneMarks、Glimmer3、RAST 使用GeneMarks 进行原核生物基因的预测 1. GeneMarks 的下载和安装 wget http://topaz.gatech.edu/GeneMark/tmp/GMtool_aQKBZ/genemark_suite_linux_64.tar.gz tar -zxvf genemark_sui...

Posted by Mr.Children on May 18, 2018

circos 的安装与简单文件配置

测序数据可视化之circos 的安装与简单文件配置

1. circos 的安装 circos 是基于perl 语言的软件,常用来做基因组的圈图或比较基因组学的图片,而且不仅仅这些,功能非常强大.官方教程 perl模块的安装: sudo perl -MCPAN -e shell install [模块名] Config::General File::Basename File::Spec::Functions GD #先安装...

Posted by Mr.Children on May 6, 2018

测序数据之质量控制

二代测序下的质量控制

Illumina 测序 单端测序的结果只有一个Fastq 文件，如果是双端测序有2个Fastq文件： 一般情况下，两个Fastq文件分别包含数字1和2分别代表先后得到的数据 这两个文件的行数一致 这两个文件相同行上的数据来自于同一条DNA片段双末端的测序数据 Fastq 文件每4行表示一条read序列 1. 质量值 Q(Phred 值) = -10l...

Posted by Mr.Children on April 26, 2018

FASTA与FASTQ格式文件

fasta 与 fastq 格式的详细内容

1. FASTA 文件 FASTA文件主要由两个部分组成:序列头信息(有时包括一些描述信息)和具体的序列数据.头信息独占一行,以大于号(>) 开头作为标记 >ENSMUSG00000020122|ENSMUST00000138518 CCCTCCTATCATGCTGTCAGTGTATCTCTAAATAGCACTCTCAACCCCCGTGAACTTGGT TATTAAAA...

Posted by Mr.Children on April 24, 2018

三种测序技术原理

三种测序技术的简单原理

第一代测序技术 一代测序又叫做sanger法测序或双脱氧末端终止法测序 Sanger法测序的核心原理   Sanger法测序又称双脱氧末端终止法测序,首先它是一个DNA聚合反应,需要DNA模板(就是我们需要测序的序列),DNA聚合酶,引物(与模板的起始序列互补,引导聚合反应开始),4种脱氧核苷酸dNTP(合成DNA的元件).测序引物与DNA模板结合后,dNTP在DNA聚合酶作用下延...

Posted by Mr.Children on April 21, 2018

Ubuntu 系统常见问题汇总

我在使用ubuntu 系统的问题

sunpinyin 在加载本地词库卡顿问题 1. 打开终端备份词库 mv /home/wei/.sunpinyin/userdict /home/wei/.sunpinyin/userdict.new cp /home/wei/.sunpinyin/userdict.new /dev/shm/userdict 2. sudo gedit /rtc/rc.local 在exit0 前面添加下...

Posted by Mr.Children on April 20, 2018

Linux 命令

ubuntu 下的常用命令

一. 常用文件命令 1. 文件、目录、编辑 cd 、tree、ls、touch cd - #切换到上次的目录 cd ~ #切换到用户的家目录 cd .. #切换到上一级目录 cd . #当前目录 #显示文件树格式 tree -a #显示所有文件包括隐藏文件 tree -d #只显示所有的目录 tree -f #只显示每个文件的全路径 tree -i #不显示树...

Posted by Mr.Children on April 1, 2018

Node.js 项目的部署

将自己的小相册部署到服务器上

将Node 项目部署到云服务器上 在部署个人相册时,需要用到node.js 来部署,使用过程中也是出现了很多问题,很多不兼容ubuntu 18.04 的包,简单记录一下. Node.js 是一个基于 Chrome V8 引擎的 JavaScript 运行环境，用来方便地搭建快速的易于扩展的网络应用。Node.js 使用了一个事件驱动、非阻塞式 I/O 的模型，使其轻量又高效，非常适合运...

Posted by Mr.Children on March 25, 2018

MarkDown语法 的使用方法

MarkDown的简单使用

MarkDown 是一种轻便的文本标记语言，与HTML相比语法格式要简单的多，而且功能要比纯文本要强大，常用来编写博客 以下是它的简单使用： 标题 "#" 表示,一共有六级标题,以#的数量表示 文本样式 *斜体* _斜体_ **粗体** __粗体__ ~~删除线~~ ==高亮== 斜体 ...

Posted by Mr.Children on March 21, 2018

数据库的简单操作

MongoDB与mysql 数据库的使用

mysql 数据库的使用 安装以及使用出现的问题 Mysql-front 连接数据库出现问题#1251 ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED BY 'password' PASSWORD EXPIRE NEVER; ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED WITH mysql_native_pas...

Posted by Mr.Children on December 25, 2017

几个网络爬虫库的基本使用

爬虫模块使用

一 网络爬虫中用到的几个模块 1. Requests import requests url = 'http://www.baidu.com' response = requests.get(url) print(response.status_code) #返回状态码 print(response.text) print(response.content) #可以用...

Posted by Mr.Children on December 21, 2017

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